Laut der Überlieferung wurde das Eremitenkloster von dem reichen lokal ansässigen Kaufmann Alberto Besozzi gegründet. Dieser hatte auf wundersame Weise einen Schiffbruch überlebt bei der Überfahrt über den See. Daraufhin hatte er beschlossen, sich an diesem Teil der Küste als Eremit zurückzuziehen. Der Selige Alberto errichtete an dieser Stelle eine Kapelle und widmete sie der Heiligen Caterina von Ägypten, die auf den Fresken im Hintergrund der Kapelle abgebildet ist. Dieser Kapelle, die im 12. Jahrhundert gebaut worden ist, wurden bald zwei weitere Kapellen zur Seite gestellt, und zwar die Kapellen San Nicolao und Santa Maria Nova, die mit Sicherheit auf das 14. Jahrhundert datiert werden können. Ab dieser Zeit bis ins 16. Jahrhundert erfuhr das Kloster eine Phase des Wohlstands und der Bedeutung. Nach einem ersten historischen Zeitraum, in dem es von Dominikanern bewohnt worden war, wurde das Eremitenkloster in den Jahren 1314 bis 1645 von den Mönchen des Mailänder Konvents von Sant'Ambrogio ad Nemus geführt. Sie wurden bis zum Jahre 1770 von den Karmelitern abgelöst. Erwähnenswert ist, dass zu Beginn des 18. Jahrhunderts eine enorme Steinlawine auf die Kirche herabrollte, aber wie ein Wunder in der Kuppel einer Kapelle bis zum Jahre 1910 über zwei Jahrhunderte hinweg hängenblieb, ohne großen Schaden anzurichten. Diese "wackelnden" Steine könnten dem Eremitenkloster zu seinem Namen verholfen haben, der vollständig Santa Caterina del Sasso Ballaro lautet. Wahrscheinlicher ist jedoch, dass die Namensgebung auf das nahegelegene Dorf Ballarate zurückzuführen ist. Seit 1970 ist die Einsiedelei Eigentum der Provinz Varese. Von 1986 al 1996 wurde es von einer Dominikanergemeinschaft geführt, heute dagegen vom Benediktinerorden.
